Durante esta década, la UPAEP cambia la estructura de Patronato Fundador a Junta de Gobierno, recibe la primera acreditación institucional por la FIMPES en 1996 y en el 2003 la segunda re acreditación; se integra la departamentalización con las divisiones de Ciencias Sociales y Humanidades, Ciencias de la Salud, Ciencias Económicas Administrativas, Tecnológica, Arte y Arquitectura, y Ciencias Básicas. Se inicia el proceso de evaluación docente institucional, se descentraliza Unidades Básicas. Se empieza con el registro de las marcas de la Universidad ante el Instituto Mexicano de la Propiedad Industrial (IMPI), se acreditan los programas de Psicología, Medicina, Arquitectura, Administración de Empresas, inicia labores la Universidad abierta.

Para culminar con la Visión 2005, se fortalecen las estrategias de Excelencia Académica, Ambientes de Motivación y Eficiencia en el uso de los recursos; además el área de investigación incrementa con cinco Profesores pertenecientes al Sistema Nacional de Investigadores.

Se otorgaron los nombramientos de Doctorado Honoris Causa a la Srita. Socorro Romero Sánchez, Juan González Arechigay de la Cueva y Anibal L. Taboas en 1995; al Emmo. Cardenal Rosalio José Castillo Lara en 1996; al Emmo. Cardenal Paul Poupard en 1998; al Emmo. Cardenal Darío Castrillón Hoyos en 1999; al Emmo. Cardenal Jaime Lucas Ortega y Alamino en 2001; y al Dr. Fidel González Fernández en 2003.

La UPAEP fortalece lazos con empresas, instituciones públicas, Universidades en el extranjero para el intercambio cultural y académico de alumnos, entre las que resaltan la Universidad de Valladolid España, Universidad de Moscú, Darmouth College. Se implementa la Red Sísmica Interuniversitaria. Se inicia con los eventos de vivencia vocacional.

En la parte de infraestructura se inaugura el Museo UPAEP (3 norte), nuevas Instalaciones en Tehuacán, Clínica de Odontología, Escuela de Enfermería, Plaza Central, Centro de Cómputo Juan Pablo II, Teatro UPAEP, el Centro de Integración Universitaria (CIU), Campus Huamantla, Centro de Idiomas, Centro de Tecnología Educativa (CETEC) teniendo en ese momento el set de TV más grande y mejor equipado de Puebla y posteriormente se integran los laboratorios de Alimentos, Capilla Universitaria (edificio C), La Café, Centro Cultural, Aula Magna, se renta un estacionamiento para alumnos (Supermercado Gigante) y se moderniza las instalaciones de redes, cómputo y telecomunicaciones, se implementa la credencial con código de barras y fotografía.

Se emite la estampilla conmemorativa del 25 aniversario de la UPAEP por el Servicio Postal Mexicano, y en el año de 1999 se nombra Rector al Mtro. Javier Cabanas Gancedo.