Durante esta década la UPAEP evaluó sus objetivos institucionales para reorientarlos a lograr el máximo nivel académico (Modelo UPAEP), llevando a cabo acciones para captar los mejores estudiantes y tener los mejores profesores de Puebla, reestructuración de los Órganos Colegiados, creación de nuevos Posgrados, crecimiento de la Biblioteca tanto en infraestructura como en acervo, fortalecimiento del deporte, actividades culturales y artísticas.

En 1984 se construyó el segundo edificio “B” y el Gimnasio, siendo su inauguración en septiembre con la bendición del Excelentísimo Arzobispo Primado de México, Cardenal Ernesto Corripio Ahumada, en el mismo año se inaugura el Campus Tehuacán con la bendición del Obispo, Don Rafael Ayala y Ayala.

Para consolidar su propuesta académica se instala el Consejo Universitario en noviembre de 1990, y en el año 1993 se anuncia en éste, el inicio formal del proceso de autoestudio para buscar la acreditación ante la Federación de Instituciones Mexicanas Particulares de Educación Superior (FIMPES).

En el año 1991 se le otorgó el Doctorado Honoris Causa al Emmo. Cardenal Ernesto Corripio Ahumada, y en 1993 al matrimonio del Dr. John Billings y la Dra. Evelyn Billings, así como al Dr. Alberto Caturelli.

La UPAEP fortalece lazos con la Universidad de Oklahoma, la Universidad de Virginia, Partners of the Americas y otras universidades de América Latina para intercambio de estudiantes. También ingresa como miembro de la Unión de Universidades de América Latina (UDUAL) y la Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES).

En conmemoración de su XX aniversario la UPAEP consolida su Modelo Económico con el objetivo de seguir llevando la mejor educación universitaria al mayor número posible de estudiantes en Puebla. En estos mismos festejos, la universidad solicitó la acuñación de una medalla en plata de edición limitada a Casa de Moneda de México, la cual fue incluida en su importante colección numismática.