El Dr. Emilio Baños ha colaborado constantemente en organismos de participación social como el Consejo Empresarial para la Inversión y el Desarrollo del Sureste (CEIDES) y la Confederación Patronal de la República Mexicana (COPARMEX), de la cual es consejero en Puebla. A principios del año 2012 fue invitado a formar parte de la Junta de Gobierno de UPAEP, y en noviembre de ese mismo año deja de ser miembro de ella para asumir la Dirección General de Desarrollo Humano y Administración en esta universidad. Más tarde, en abril de 2013 la Junta de Gobierno lo designa Rector de UPAEP para el periodo comprendido de agosto 2013 a julio 2016. Ha sido ratificado en el mismo cargo en dos ocasiones: mayo 2016 y en agosto de 2019, por un periodo de tres años más. En el año 2017, obtuvo el grado de Doctor en Historia del Pensamiento por la Universidad Panamericana. Representa a UPAEP en los siguientes organismos: en el Consejo Nacional de ANUIES; el Consejo Consultivo Región Centro/Puebla de Christus Muguerza; el Consejo de UNIVERSIA; el Consejo de Gobierno de la Universidad Intercontinental; en Ceneval, como miembro del Consejo Directivo. En FIMPES como miembro de las comisiones de asuntos jurídicos, de movilidad internacional y de la Comisión permanente para el Estudio y Actualización del Sistema de Acreditación. En el Consejo Ciudadano de Seguridad y Justicia del Estado de Puebla, representa al Consorcio Universitario.